1807 Endgültige Auflösung der seit dem späten 14. Jhdt. bestehenden Salzburger Hofkapelle. Nur die Dommusik besteht in eingeschränktem Rahmen weiter.
1841 Gründung von „Dommusikverein und Mozarteum“ durch ein Komitee von Bürgern der Stadt, initiiert vom aus Wien stammenden Beamten Franz von Hilleprandt, der auch der erste Sekretär des Vereins war. Mozarts Witwe Constanze von Nissen übernahm in ihrem letzten Lebensjahr die Schirmherrschaft.
1842 Festkonzerte zur Enthüllung des Mozart-Denkmals unter Mitwirkung von Mozarts Söhnen, dem Kapellmeister und Komponisten Franz Xaver und dem Staatsbeamten Karl Thomas. Aloys Taux wird zum Direktor des Vereins bestellt, also auch zum Leiter des bis 1939 aus Lehrenden, Studierenden und Amateuren bestehenden Vereinsorchesters.
1861 Hans Schläger, Dirigent und Musikwissenschaftler, wird der Nachfolger von Taux.
1868 Der Wiener Otto Bach wird Direktor des Vereins und seines Orchesters.
1880 Die „Internationale Mozart-Stiftung“, welche zunächst auch die Musikschule Mozarteum betreibt, trennt sich vom Dommusikverein. Letzterer stellt jedoch weiterhin einen Großteil der Musiker und trägt auch deren Kosten. Josef Friedrich Hummel übernimmt die Direktion von Stiftung und Orchester.
1908 Endgültige rechtliche Trennung von Mozarteum und Dommusik; personelle Verbindungen bestehen bis heute. Der Braunauer Komponist Josef Reiter wird zum Nachfolger Hummels gewählt. Seit damals setzt sich die Bezeichnung „Mozarteum-Orchester“ durch.
1911 Der deutsche Komponist Paul Graener wird für nur zwei Saisonen Mozarteums-Direktor.
1913 Franz Ledwinka, vielseitiger Musiker und Lehrer aus Wien, übernimmt zunächst nur die Leitung des Orchesters, erst 1915 die des Mozarteums, welches nun im neuen Haus in der Schwarzstraße situiert ist.
1917 Der Wiener Bernhard Paumgartner wird als Direktor des Mozarteums berufen. Ledwinka bleibt Konzertleiter.
1938 Gründung eines „Vereins Mozarteum-Orchester“
1939 Professionalisierung und Neugründung des Orchesters durch die NS-Kulturpolitik. Erster Chefdirigent des Orchesters wird der Niederländer Willem van Hoogstraten, der auch die Leitung der Musikschule übernimmt.
1944/45 Günter Wand als kurzfristiger Chefdirigent.
1945 Der aus dem italienischen Exil zurückgekehrte Paumgartner kehrt an die Spitze der Akademie Mozarteum zurück, Chef des Orchesters wird jedoch Robert Wagner.
1947 Auf Wagner folgt Meinhard von Zallinger, auf diesen schon 1949 Paul Walter.
1951 Stadt und Land Salzburg retten das konkursreife Orchester und unterstützen es seit damals.
1953 Der neue Chefdirigent heißt Ernst Märzendorfer. Der gebürtige Oberndorfer ist der erste Salzburger an der Spitze des Orchesters.
1959 Das „Mozarteum-Orchester“ wird zum offiziellen Symphonieorchester von Stadt und Land Salzburg. Nach einer interimistischen Leitung 1959 durch Zallinger wird 1960 der Kroate Mladen Bašić Chefdirigent.
1969 Leopold Hager, geboren in der Stadt Salzburg, wird Chefdirigent des Orchesters, das er bis 1981 leiten und dem er bis heute als Gast verpflichtet bleiben wird.
1981 Auf Hager folgt für drei Jahre Ralf Weikert.
1984 Hans Graf, bislang der letzte Österreicher an der Spitze des Orchesters, wird zum Chefdirigenten gekürt. Wie seine Vorgänger seit 1945 ist er auch Musikdirektor des Landestheaters, wie Hager gehört er bis heute zu den geschätzten Gastdirigenten.
1994 Der Niederländer Hubert Soudant übernimmt das Orchester und als letzter ebenso die musikalische Leitung des Landestheaters.
2004 Der Engländer Ivor Bolton, mit dem Orchester seit seinem Debüt bei den Salzburger Festspielen 2000 bereits innig verbunden, wird zum Chefdirigenten gewählt.
2016 Das Mozarteumorchester, seit langer Zeit wesentlich mit der „Mozartwoche“ und den Mozart-Matineen bei den Festspielen verbunden, erhält die Goldene Mozart-Medaille der Siftung Mozarteum. Ivor Bolton wird zum Ehrendirigenten des Orchesters ernannt.
2017 Der Italiener Riccardo Minasi wird zum Chefdirigenten des Mozarteumorchesters berufen und bleibt in diesem Amt bis zum Sommer 2022.
2024/2025 Nach einer Übergangsphase mit verschiedenen, fixen Gastdirigenten (Jörg Widmann, Andrew Manze, Constantinos Caridys u.a.) präsentiert das Mozarteumorchster den Spanier Roberto González-Monjas als neuen Chefdirigenten.
